光绪(1888)1213，朝廷将言官谤书(检举)抄转给铭传阅。实际就一警告。尽朝廷语尚属平和，为“铭传简台湾巡抚来，办事尚为得力”，又“参折所陈，均为无因”，求铭传接受朝廷训诫，照题，“平省察，据实复奏”。

    清廷然为了敲打，其潜台词也显易见，就：题朝廷经掌握了，得小了!

    铭传来，当然一兆。光绪（1889）正，光绪皇帝亲政。围绕慈禧归政，帝党和党矛盾渐凸显。轻皇帝来，淮系和铭传都党一派，颇戒。

    样一来，铭传越来越过了。最让痛，办防计划也遭阻挠，无法实现。铭传诸政，办防始终第一位。因为法战争给太教训。由海防薄弱，“一有兵争，仓皇束”。次书，呼吁清廷加海防投，还希望够为台湾建立一支海军。，些希望均一一落空。光绪（1887）八，尚书翁龢书朝廷，国库空虚、救灾需为由，请求停购外洋枪炮、船、械，炮台建设也一律暂停止。谕旨一，铭传失望，海防梦也由此破灭了，禁喟然叹息：“方惎，乃抉藩篱，亡无矣。”

    事铭传来打击。彻底寒了。了，也实动了。每况愈也实。作为一久经沙场老将，早太平军作战，就受过严枪伤，并患有病，近目盲。赴台，理万机，劳费，加染瘴、痢疾等疾病，经常足麻木，咯血止，寒并增，吐泻俱作。此外，疾也一步加，左瞎，右昏，“咫尺辨形”。耳病也严，左耳废，右耳“尚赖保全”，却听力低。用话，便“亏外，血难通，补泻穷，群医束”。

    光绪七（1891）八，朝廷批准辞官，铭传乘船离台湾返回家乡。

    茫茫海，波涛汹涌。铭传了，带一伤病和未实现梦，带一腔血和未酬壮志。来，孑然一。临没有带一，甚养廉银和历次因战功获得朝廷赏银，全捐，用修建学堂，培养台湾孩。最也有些了。

    铭传离，台湾政便陷了全面停顿。因为接邵友濂仅才学平庸，且思保守。一便铭传全盘否定，诸革均被一笔勾销。一间，“政尽废”，目凋。倒退令痛，导致了台湾近代化乎全断，发展也陷停滞。特海防建设止，无疑毁城。梁启超先有诗云：“轩车一留得，藤蔓啼莺空复”；“城坏岂惜，雨抛锁甲苔卧枪。”其悲切、惋惜溢言表。

    ，甲午战争爆发。由局势张，清廷又一次了铭传。慈禧太懿旨，撤销铭传，恢复其职务。久，又令其迅速北，京陛见。